วิธีนี้ใช้หลักการเปรียบเทียบลักษณะแบบแผนเปปไทด์ของตัวอย่างที่ส่งทดสอบกับ
ฐานข้อมูลของสายพันธุ์มาตรฐานหรือสายพันธุ์ต้นแบบ
*
กรณีใดหรือตัวอย่างแบบไหนที่เหมาะกับการวิเคราะห์โดยวิธีนี้
การตรวจจับสปีชีส์ที่เป็นเป้าหมายหรือสปีชีส์ที่สนใจ เช่น ต้องการตรวจสอบว่าสายพันธุ์ที่คัดแยกได้จากตัวอย่างหรือผลิตภัณฑ์เป็นสปีชีส์ที่เป็นเป้าหมายหรือไม่
การยืนยันสายพันธุ์ โดย TBRC สามารถเก็บแบบแผนเปปไทด์ของสายพันธุ์ของลูกค้า (แม้จะไม่ทราบสปีชีส์) ไว้เป็นต้นแบบเพื่อใช้เปรียบเทียบกับสายพันธุ์ที่ลูกค้าจะส่งทดสอบในอนาคต
ข้อดี
เป็นวิธีที่มีความจำเพาะและความแม่นยำสูง สามารถใช้แยกสายพันธุ์ที่ใกล้เคียงกันออกจากกันได้
วิเคราะห์ผลได้รวดเร็ว ทำให้เป็นวิธีที่นิยมใช้ในการจำแนกชนิดจุลินทรีย์ การเปรียบเทียบสายพันธุ์ และการตรวจจับเชื้อโรค
ค่าใช้จ่ายด้านบุคลากรและกระบวนการวิเคราะห์ไม่สูง
ข้อจำกัด
จำแนกชนิดจุลินทรีย์ได้เฉพาะกรณีที่มีแบบแผนเปปไทด์ของสายพันธุ์มาตรฐานหรือสายพันธุ์ต้นแบบอยู่ในฐานข้อมูลเท่านั้น กรณีที่ไม่สามารถระบุชนิดจุลินทรีย์ได้ (ไม่ตรงกับข้อมูลในฐานข้อมูล) จะไม่สามารถระบุชนิดใกล้เคียงหรือลำดับอนุกรมวิธานขั้นสูงกว่าได้
*TBRC ทำวิจัยอย่างต่อเนื่องในการเพิ่มข้อมูลในฐานข้อมูลเพื่อให้ครอบคลุมชนิดจุลินทรีย์มากขึ้น